อีกหนึ่งภาคพิเศษที่แฟนคลับต่างรอคอยมานาน ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ตอนพิเศษนี้จะเป็นการเล่าถึงจุดเริ่มต้นของมิยาโนะ ชิโฮะ หรืออีกชื่อหนึ่งคือเด็กสาวตัวน้อย ไฮบาระ ไอ เกิดอะไรขึ้นในอดีตที่ทำให้สาวนักวิทยาศาสตร์หัวกะทิแห่งองค์กรชุดดำต้องกลายกินยาที่ตนเองทำจนตัวหดเล็กลงกลับไปเป็นเด็กน้อยวัยประถม และรถไฟคันนี้ที่กำลังเดินหน้าไปยังจุดหมายได้เกิดเหตุร้ายอะไรขึ้นกันแน่?