หลังจากที่การต่อสู้ครั้งก่อนได้ผ่านพ้นไปนานถึงสามปี ชูยะ นานาฮาระกลายเป็นหน่งในผู้ก่อการร้ายที่มีชื่อเสียงกว้างไกลออกไปทั่วทั้งโลก เขามีความต้องการที่จะล้มล้างรัฐบาล จึงได้ก่อตั้งกลุ่มผู้ก่อการร้ายขึ้นมาและสร้างเรื่องด้วยการทำลายตึกจนมีคนเสียชีวิตไปมากถึงแปดพันคน เรื่องในครั้งนี้ทำให้รัฐบาลเลือกที่จะประกาศโครงการใหม่ BRII Act ด้วยการส่งเด็กนักเรียนกลุ่มหนึ่งออกตามล่าตัวของชูยะ