นีโอได้เจอกับปัญหาครั้งใหญ่เกี่ยวกับพลังและความสามารถของตนเอง เมื่อพลังของเขาหายไปอย่างกะทันหันตัวเขาได้เกิดการแปรสภพาอีกครั้งอย่างที่เขาไม่ทันคาดคิดว่ามันจะเกิดขึ้น และเขายังหลุดไปอยู่กึ่งกลางระหว่างโลกของมนุษย์และสิ่งมีชีวิตจักรกล ในโลกที่แปลกประหลาดและตัวเขาที่ไร้พลังเช่นนี้ เขาจะทำอย่างไรต่อไปเพื่อให้สามารถรอดชีวิตไปได้ พร้อมกับหยุดสงครามระหว่างสองเผาพันธุ์