หลังจากจบศึกษของเอ็กซ์เม็นและวิลเลี่ยม พวกมินแทนได้แยกย้ายกลับไปใช้ชีวิตในเส้นทางที่พวกเขา บางคนก็ยังคงเก็บพลังเอาไว้ และบางคนก็ทิ้งมันไปและหลบซ่อนตัว ในตอนนั้นเองที่ศาสตราจารย์ชาร์ล เซเวียร์ได้เริ่มต้นเปิดศึกกับแม็กนีโต้อีกครั้งเพื่อหยุดยั้งความคิดที่จะล้างบางมนุษย์ 

ดูภาคอื่น

X-Men 1 (2000) เอ็กซ์เม็น

X-Men 2 (2003) เอ็กซ์เม็น ศึกมนุษย์พลังเหนือโลก

X-Men 4 Origins Wolverine (2009) เอ็กซ์เม็น กำเนิดวูล์ฟเวอรีน