นายทหารชั้นกัปตันโคลเตอร์ สตีเว่นส์ ตื่นขึ้นมาและพบว่าตนเองอยู่ในร่างของชายคนที่เขาเองก็ไม่รู้จัก เขาถูกมอบหมายให้รับหน้าที่สืบและตามหาตัวการของคดีการวางระเบิดครั้งใหญ่ของชิคาโก้ที่ตอนนี้กำลังแฝงตัวอยู่ในรถไฟสายชิคาโก้ พร้อมกับตามหาความจริงและทำการเข้าใจกับองค์กร Source Code ตัวการที่ทำให้เขาต้องเขามาอยู่ในร่างอื่นที่ไม่ใช่ของตนเอง