ปีนี้ประเทศญี่ปุ่นได้จัดกิจกรรมใหญ่ขึ้นพร้อมกันถึงสองกิจกรรม ทั้ง World Sports Games (WSG) มหกรรมกีฬาที่ปกติจะจัดขึ้นทุก ๆ สี่ปี ในปีนี้กรุงโตเกียวคือเจ้าภาพงานกีฬา และอีกกิจกรรมคือรถไฟความเร็วสูงที่สามารถวิ่งได้เร็วถึง 1,000 กม./ชม. ทำให้ญี่ปุ่นกลายเป็นจุดสนใจของทุกช่องทางสื่อ จนในที่สุดก็เกิดเหตุการณ์ที่บรรดาสปอนเซอร์และผู้บริหารระดับสูงหายตัวไปอย่างแปลกประหลาด ทำให้โคนันและอากาอิต้องช่วยกันสืบหาความจริงก่อนที่เรื่องราวจะเลวร้ายไปกว่านี้