ลิงขนาดยักษ์ คอง ยังคงหลบซ่อนตัวอยู่ที่ใดสักที่บนโลกมนุษย์ในขณะเดียวกัน สิ่งมีชีวิจดึกดำบรรพ์จากโลกอดีตอย่างก็อตซิลล่าก็ได้ปรากฎตัวขึ้นมาอีกครั้งที่พื้นดินของดาวโลก ในขณะนั้นเองที่เจียกับเพื่อน ๆ ผู้ติดตามของเธอที่รับรู้การมีอยู่ของก๊อตซิลล่าและกำลังทำหน้าที่ดูแลคองอยู่ได้เริ่มมองหาทางจัดการกับก๊อตซิลล่า และคองเองก็ตัดสินใจให้ความร่วมมือด้วยการปะทะกับสัตว์ประหลาด