ระหว่างออกปกป้องดวงดาวต่าง ๆ ในจักรวาล เหล่าอุนตร้าแมนและพวกพ้องของเขากลับค่อย ๆ ถูกวายร้ายดูพลังออกไปจากร่างกาย ทำให้ความสามารถของพวกเขาถูกเปลี่ยนแปลงเป็นพลังมืด อีกด้านหนึ่งโลกเองก็กำลังตกอยู่ในอันตรายครั้งใหม่ ทำให้อุลตร้าแมนเอ็กซ์ต้องเดินทางเอาพลังกลับมาเพื่อช่วยเหลือโลกเอาไว้