การกลับมาของไคจูกลายเป็นเครื่องหมายยืนยันการมีอยู่ของสิ่งมีชีวิตที่น่าสะพรึงกลัวและดุร้าย และมันก็กำลังจะกลายเป็นภัยร้ายใหม่ของโลกใบนี้ เมื่อการบุกมาของพวกมันได้ทำให้หน่วยเจ้าหน้าที่เฉพาะกิจต้องออกทำหน้าที่ปราบปรามสัตว์ประหลาดอีกครั้ง อุลตราแมนชินได้ถูกส่งตัวมาเพื่อช่วยเหลือมนุษย์ตามคำเรียกร้องของหน่วยงานและประชาชน