หลังจากต้องทำการปิดตัวจูราสสิคพาร์คไปหลายปี และเศรษฐีเจ้าของพาร์ค ก็ได้ล้มเลิกความคิดที่จะเปิดพาร์คใหม่ และก็กลายเป็นนักอนุรักษ์ไปแล้ว แต่ถึงแม้ว่าพาร์คจะปิดตัวไป แต่ยังมีสถานที่พิเศษอีกแห่งหนึ่ง ที่ถูกเรียกว่า ไซด์ บี (Site B) ซึ่งเป็นเขตคุ้มกันเฉพาะที่สร้างขึ้นมาเพื่อใช้เป็นฟาร์มเพาะพันธุ์ไดโนเสาชนิดต่างๆ ก่อนที่จะนำเข้าไปอยู่ในพาร์ค และเรื่องราวในครั้งนี้ก็เกิดขึ้นจากการเข้าสำรวจ ไซด์ บี อีกครั้ง แต่ครั้งนี้ไม่ได้มีแค่ทีมที่จะเข้าไปศึกษาเพียงทีมเดียว เพราะยังมีคนที่คิดจะเข้ามาจับสัตว์ยักษ์ในสถานที่แห่งนี้ออกไป เพื่อจะเปิดพาร์คใหม่ในตัวเมือง